企业所得税核定征收存在较大的管理风险。

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核定征收是企业所得税的补充管理手段。在企业所得税管理粗放的时期，提前核定对加强企业所得税管理起着积极有效的促进作用。但是，随着企业所得税管理的细化、专业化发展，特别是税收征收管理信息化程度的提高，提前核定带来的弊端和隐藏的执法风险越来越突出。主要表现在:

(一)造成企业所得税直接流失。一是核定征收企业发生大规模股权转让或财产转让，无论产生多少收入，只能按行业应税收入率征收，导致税收流失。二是核定征收企业的主营项目确定错误，或者主营业务发生重大变化，未能及时向税务机关申报调整，导致核定的应税收入低于行业下限，导致税收流失。第三，核定征收税少于按会计利润计算的应纳所得税，导致税收流失。

(二)造成企业所得税基础的侵蚀。定额征收企业在定额范围内存在代开、虚开专用发票或普通发票的行为，侵蚀了下游企业的所得税基础。由于实际税负较低，定额征收企业因承担少量税款而开具大量发票，用于下游企业按25%税前扣除(尤其是相关企业)，侵蚀企业所得税基础。

(三)造成流转税的损失。按照收入定率征收企业或定额征收企业，是否取得成本费用发票与缴纳企业所得税无直接关系，这就为上游企业不开具发票提供了客观的便利，可能导致上游企业少缴增值税、消费税等。

(四)企业不能享受税收优惠政策。近年来，国家出台了一系列减税减费政策，税务部门通过各种方式全面落实税收优惠政策。由于征收方式的限制，核定征收企业只能享受几种简单的税收优惠；通过审计征收，更多的纳税人可以享受税收优惠红利。

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